Keputusan tersebut juga menimbulkan masalah hukum dan etika. Keputusan tersebut hampir melanggar Konstitusi Indonesia yang mengatur pemisahan agama dan negara.
Kebijakan tersebut dapat menghadapi tantangan karena mengutamakan kelompok agama tertentu di atas kelompok agama lainnya, yang merusak prinsip kesetaraan di hadapan hukum.
Menggunakan organisasi keagamaan untuk memajukan agenda politik negara atau pribadi dapat membahayakan independensi badan-badan ini, yang berpotensi mengurangi kemampuan mereka untuk bertindak sebagai kompas moral dan etika dalam masyarakat.
Selain itu, potensi konflik juga tidak dapat diremehkan. Di daerah-daerah di mana operasi pertambangan akan dibuka, masyarakat setempat yang secara tradisional menentang proyek-proyek semacam itu mungkin mendapati diri mereka menentang bukan hanya perusahaan yang tidak berwajah, tetapi juga entitas keagamaan yang diberdayakan.
Dinamika baru ini memperumit strategi protes dan advokasi tradisional dan dapat meningkatkan ketegangan antara masyarakat lokal dan organisasi keagamaan yang baru diberdayakan.
Telaah kritis mengungkapkan banyak risiko yang terkait dengan kebijakan ini. Keterlibatan PBNU dalam pertambangan dapat menimbulkan konflik internal di dalam organisasi itu sendiri, karena prinsip-prinsip dan doktrin-doktrin keagamaannya dapat bertentangan dengan motif-motif yang didorong oleh keuntungan dari operasi pertambangan.
