Pesantren itu lalu berkembang menjadi salah satu tempat pendidikan para santri. Mulanya, Sunan Gresik mendirikan masjid sebagai tempat ibadah dan sarana dakwah Islam. Masjid tersebut dia bangun setelah pengikut Islamnya semakin banyak.
Kala itu, masyarakat Jawa memiliki kebiasaan menetap di tempat gurunya yang mengajarkan ilmu. Para guru menyediakan tempat-tempat khusus untuk menampung murid-muridnya.
Sunan Gresik mengetahui kebiasaan belajar semacam itu lantas mendirikan pesantren sebagai tempat murid atau santri yang ingin belajar ilmu kepadanya. Pesantren Sunan Gresik kemudian tercatat sebagai lembaga pendidikan Islam pertama di Tanah Jawa.
Diterangkan dalam buku Doktrin dan Pemahaman Keagamaan di Pesantren oleh Syarif Hidayatullah, pesantren menjadi model khas pendidikan Islam tertua di Indonesia. Istilah pesantren kian meluas sejak masa Wali Songo, terlebih pada era Sunan Ampel yang merupakan anak dari Sunan Gresik.
Menurut artikel berjudul Sejarah dan Peran Pesantren dalam Pendidikan di Indonesia karya Adnan Mahdi yang terbit di Jurnal Islamic Review Vol. II April 2013, Sunan Ampel saat itu mendirikan padepokan di Ampel Surabaya sebagai pusat pendidikan di Jawa.
Para santri dari Pulau Jawa berdatangan menimba ilmu agama. Bahkan, ada juga yang berasal dari Gowa dan Tallo, Sulawesi. Padepokan Sunan Ampel inilah yang dianggap sebagai cikal bakal berdirinya pesantren-pesantren di Indonesia.
