Mereka mempersoalkan kesesuaian pasal-pasal tersebut dengan jaminan Konstitusi mengenai kekuasaan kehakiman yang merdeka, persamaan di hadapan hukum, dan kepastian hukum yang adil.
MK akhirnya mengabulkan seluruh permohonan itu. Mahkamah menilai UU Peradilan Militer membutuhkan penataan menyeluruh agar pembagian kewenangan antara peradilan militer dan peradilan umum memiliki batas yang jelas.
Mengapa pembedaan ini penting? Karena hukum pidana umum melindungi kepentingan masyarakat luas, sedangkan hukum pidana militer menangani pelanggaran yang memiliki karakter khusus dalam kehidupan militer.
Desersi, misalnya, berkaitan dengan kewajiban seorang prajurit untuk menjalankan tugas. Pelanggaran disiplin komando juga membutuhkan pemahaman struktur dan tanggung jawab militer. Perkara semacam itu layak masuk yurisdiksi peradilan militer.
Sebaliknya, penganiayaan terhadap warga sipil menyangkut hak atas tubuh dan keselamatan. Pencurian menyangkut perlindungan harta benda. Pembunuhan menyangkut hak hidup. Status pelaku sebagai prajurit tak otomatis mengubah karakter hukum perbuatan.
Hakim konstitusi Arsul Sani menjelaskan bahwa dasar kewenangan peradilan militer terletak pada kekhususan materi tindak pidananya. Unsur perbuatan terkait kemiliteran memang semestinya menjadi yurisdiksi peradilan umum.
