Mereka melanggengkan perang memperebutkan penguasa Jayakarta. Kompeni membuat Jayakarta luluh lantak. Kemudian, di atas reruntuhan Jayakarta, Kompeni mendirikan kota baru pada tahun 1619, Batavia, namanya.
Nafsu Kompeni menguasai wilayah lain di nusantara semakin cerah. Mereka juga ingin menguasai perdagangan rempah-rempah di Kepulauan Banda. Kompeni pun tak terelakkan lalu membantai seluruh Kepulauan Banda. Hal ini dikarenakan penduduk setempat lebih memilih memperdagangkan rempah-rempah untuk negara lain.
Kepulauan Banda dikalahkan pada tahun 1621. Sebagian besar penduduknya terbunuh. Sisanya yang selamat dijadikan budak untuk dijual di Batavia.
Pada 11 Maret 1621, Kepulauan Banda dipenuhi awan duka yang tebal. Seluruh penduduk Banda dibunuh oleh Jan Pieterszoon Coen yang sangat kejam dan tidak mengenal masa kemanusiaan. Kepulauan Banda benar-benar kosong tanpa penduduk.”
“Seperti yang sudah dikatakan tadi, mereka yang tidak sempat lari, kalau tidak mati atau dibunuh dengan kejam, ditangkap dan diangkut sebagai tawanan perang atau budak ke Batavia. Itulah penduduk Batavia yang aslinya berasal dari Banda ,” kata Sagimun MD dalam buku Jakarta dari Tepi Air ke Kota Proklamasi (1988).
Penaklukan demi penaklukan membuat Kompeni ketagihan. Mereka ingin menaklukkan lebih banyak wilayah.
