Namun upaya pemerintah tidak berhenti sampai di situ. Pemerintah kembali berunding agar masalah dapat diselesaikan dengan damai.
Lagi dan lagi, upaya pemerintah berakhir gagal. Hal ini dikarenakan Dr. Soumokil dan para pendukungnya berpegang teguh agar RMS terpisah dari RIS.
Penyelesaian Lewat Jalur Militer
Atas penolakan Dr. Soumokil, pemerintah pun memutuskan untuk menggunakan cara kedua, yakni menggunakan pasukan militer.
Pasukan militer dikerahkan dengan mengandalkan operasi militer di bawah pimpinan Kolonel A. E. Kawilarang guna menghentikan pemberontakan oleh Republik Maluku Selatan.
Pada tanggal 14 Juli 1950, Angkatan Darat dan Angkatan Laut RIS berhasil mendarat di Pulau Buru. Hari berikutnya, APRIS menyebar ke seluruh penjuru Pulau Buru.
Masyarakat setempat menyambut gembira para utusan pemerintah, hal ini dikarenakan mereka sangat tersiksa oleh pendukung RMS.
Melansir Ensiklopedia Pelajar dan Umum karya Gamal Komandoko, APRIS pada operasi terbagi menjadi tiga kelompok, yakni:
Kelompok I yang dipimpin oleh Mayor Achmad Wiranatakusumah
Kelompok II yang dipimpin oleh Letnan Kolonel Slamet Riyadi
Kelompok III yang dipimpin oleh Mayor Suryo Subandrio
Kemudian tepat pada tanggal 3 November 1950, pemberontakan oleh RMS pun berhasil ditumpas dan Ambon berhasil dikuasai.
