Namun, relokasi mereka ke Swiss segera dirusak oleh masalah pajak. Sebuah laporan dari platform jurnalisme investigatif Swiss, GothamCity, mengungkapkan bahwa pada awal tahun 2004, Divisi Urusan Kriminal dan Investigasi otoritas pajak nasional Swiss (Divisi urusan pénales et enquêtes (DAPE)), bertindak atas perintah Dewan Federal Swiss, “memulai penyelidikan terhadap keluarga Djojohadikusumo atas “kecurigaan beralasan mengenai penghindaran pajak dalam jumlah besar secara terus-menerus.”
Pada tahun 2006, China International Trust & Investment Corp (CITIC Group) mengakuisisi aset minyak Kazakhstan milik Nations Energy Co. Ltd milik Hashim Djojohadikusumo senilai USD 1,9 miliar. Setelah transaksi ini, keluarga Djojohadikusumo pindah ke London, Inggris, di mana mereka memiliki tempat tinggal di Holland Park. Meskipun demikian, mereka tetap mempertahankan properti mereka di Jenewa.
Selama bertahun-tahun, otoritas pajak Swiss telah mengejar Djojohadikusumo karena pajak federal, wilayah, dan komunitas yang belum dibayar. Pada tahun 2017, jumlah total yang harus dibayar, termasuk denda, telah meningkat menjadi 139 juta franc Swiss (sekitar USD 158 juta).
Namun, saudara laki-laki Prabowo Subianto menolak melunasi utangnya dan mengatakan kepada pihak berwenang Swiss bahwa dia bangkrut. “Hashim Djojohadikusumo secara khusus mengklaim telah menghabiskan 420 juta dolar kekayaan pribadinya untuk menyelamatkan perusahaan [Prabowo] (…) dan untuk membiayai kampanye pemilunya.” Lebih lanjut, Djojohadikusumo menyatakan, dirinya dan istrinya Anie yang atas nama terdaftar properti Jenewa, telah bercerai pada 2019.
