Setelah berakhirnya pemerintahan Orde Baru, muncul berbagai konflik yang sifatnya vertikal dan horizontal yang berbasis pada ikatan primordial agama, suku, budaya, dan sejarah. Konflik vertikal terjadi di Papua, Aceh, dan Timor Timur. Konflik horizontal terjadi di Kalimantan antara suku Dayak dan Madura. Konfik Poso, Ambon, seakan menjadi penanda akan ancaman disintegrasi bangsa.
Lepasnya Timor Timur dari NKRI tahun 1999 dan peningkatan eskalasi konflik Aceh, Ambon dan Papua banyak pihak yang memprediksi akan terjadinya teori domino effect di Indonesia. Kemerdekaan Timor Timur akan diikuti oleh Papua, Aceh, Ambon, dan selanjutnya bubarnya Indonesia. Sesuatu yang sulit dibayangkan sebelumnya. Kota Ambon yang telah lama menjadi kota multikultural dan memiliki kekuatan kearifan lokal, Pela Gandong. Masyarakat Maluku memiliki hubungan kekerabatan dan pertemanan yang erat bisa terlibat dalam konflik horizontal 1999.
Konflik Ambon yang tadinya bersifat konflik komunal antarwarga kemudian meluas menjadi konflik transnasional. Banyak kekuatan asing yang terlibat dalam konflik Ambon dan isu tentang konflik Ambon menjadi isu internasional yang diberitakan oleh berbagai media asing. Konflik Ambon meletus pada era Presiden BJ Habibie, di saat Presiden BJ Habibie menghadapi problem yang sangat kompleks memulihkan krisis ekonomi nasional, dan menghadapi tuntutan kemerdekaan Timor Timur, Aceh, dan Papua. Banyaknya agenda reformasi harus diselesaikan menyebabkan perhatian pemerintah dalam menyelesaikan persoalan konflik Maluku kurang terfokus.
