Semua utusan dari komunitas Islam dan Kristen terbangun kesadaran bersama, bahwa konflik Ambon harus diakhiri, agar masyarakat Ambon dapat keluar dari penderitaan. Dalam konflik Maluku 1999 tidak ada pihak yang menang atau kalah, semuanya merasakan penderitaan yang sama. Semua peserta Malino II menginginkan konflik Ambon harus diselesaikan tanpa melibatkan fasilitator dari pihak asing (NGO, negara lain). Sulit dibayangkan konflik Ambon yang sangat rumit dan memakan banyak korban jiwa dan harta dapat diselesaikan lewat perundingan Malino II yang digagas bersama antara Pemerintah Pusat, Pemda Maluku, dan utusan dari komunitas Islam dan Kristen.
Dalam negosiasi pada perjanjian Malino II, utusan yang dikirim mewakili representasi berbagai unsur dalam komunitas agama Islam, Kristen Protestan, Kristen Katolik, yang terdiri dari ada tokoh agama, tokoh masyakat, akademisi dan utusan organisasi mahasiswa. Dalam Perjanjian Malino II, peserta utusan masing-masing diminta menyampaikan keluhan dan menyampaikan berbagai permasalahan yang mereka alami. Masing-masing komunitas memiliki permasalahan yang berbeda-beda. Berbagai permasalahan ini dicatat untuk bahan masukan bagi pemerintah dalam upaya perumusan kebijakan perdamaian Ambon.
