Resolusi konflik Ambon memberikan pelajaran berharga tidak hanya kepada masyakat Ambon, Maluku tetapi di Indonesia dan dunia. Sulit dibayangkan konflik yang memakan banyak korban jiwa dan harta benda, dapat ditemukan solusi penyelesaian konfliknya. Penyelesaian konflik di Indonesia, umumnya dilakukan dengan pendekatan keamanan dan penegakan hukum. Konflik Ambon menjadi contoh penyelesaian konflik secara holistik, dengan menggunakan pendekatan keamanan, dialog damai, mengoptimalkan potensi damai, perjanjian damai, dan rehabilitasi dan penegakan hukum.
Dalam perundingan Malino II, pemerintah memainkan peran sebagai pihak ketiga. Pemerintah dengan kekuasan yang dimiliki melakukan intervensi membangun komunikasi dengan TNI, Polri, pemda, komunitas Islam dan komunitas Kristen, untuk menyelesaikan konflik Ambon lewat jalur perundingan. Pemerintah pusat menyiapkan tempat dan berbagai fasilitas akomodasi perlindungan keamanan kepada semua utusan untuk dapat mengikuti perundingan Malino II. Dalam perundingan Malino II, pemerintah pusat yang diwakili oleh Jusuf Kalla (Menko Kesra) dan Menko Polhukam Susilo Bambang Yudhoyono, menempatkan diri sebagai fasilitator dari pihak pemerintah yang memiliki kepentingan nasional agar konflik Ambon segera berakhir.
