Belanda, yang kemudian kuat dalam tradisi Calvinis di bawah pengaruh John Calvin, menjadikan Protestan sebagai agama negara. Prinsip Augsburg menjadi legitimasi teologis sekaligus politis bagi ekspansi mereka.
Namun, sebelum Augsburg diteken, Portugis telah tiba di Maluku pada 1512. Dengan semangat yang sama—agama mengikuti kekuasaan—Portugis membawa Katolik ke wilayah yang mereka kuasai, termasuk Maluku dan Timor. Saat itu, mereka nyaris tanpa pesaing Eropa. Meski demikian, penting dicatat: komunitas Muslim telah lebih dahulu hadir dan berakar kuat di Maluku sebelum kedatangan bangsa-bangsa Eropa.
Sejarah Maluku kemudian menjadi panggung persaingan poros Katolik (Portugis–Spanyol) dan Protestan (Belanda–Inggris). Politik dan agama berkelindan dalam perebutan rempah-rempah.
Pada 23 Februari 1605, Belanda menaklukkan Portugis di Ambon dengan merebut Benteng Laha. Empat hari kemudian, tepat 27 Februari 1605, ibadah Protestan pertama di daratan Ambon dipimpin oleh ziekentrooster Johannes Stollenbeeker.
Momentum ini penting. Jika dihitung dari Diet of Worms (1521), hanya berselang sekitar 80 tahun. Dari Perdamaian Augsburg (1555), bahkan hanya sekitar 50 tahun. Artinya, Ambon menerima Protestanisme hampir bersamaan dengan konsolidasi Protestan di Eropa sendiri.
