Pada awalnya Fakultas Teknik hanya memiliki 1 (satu) Jurusan saja yakni, Jurusan Teknik Perkapalan dan terbagi atas dua bidang peminatan masing-masing:
- Bidang Bangunan dan Reparasi Kapal.
- Bidang Permesinan Kapal.
Pada mulanya pendidikan dilakukan hanya pada jenjang Bachelor (sarjana muda) dengan masa Studi 4 tahun. Semua Fasilitas dan tenaga eks FTA dipergunakan termasuk tenaga-tenaga administrasi.
Melihat Fasilitas yang telah ada dan kebutuhan masyarakat akan tenaga Serjana Perkapalan dan ditunjang dengan ketersediaan tenaga pengajar yang tersedia, maka pada tahun 1976-1977 jenjang Pendidikan Bachelor ditingkatkan dengan dibukanya jenjang pendidikan Sarjana. Pendidikan tingkat Sarjana ini mempunyai 2 Jurusan:
- Jurusan Bangunan Kapal dan Reparasi Kapal,
- Jurusan Permesinan kapal.
Sesuai Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi No. 105/Dikti/Kep/1984, tanggal 21 Agustus 1984, maka Fakultas Teknik memiliki 2 Jurusan dan 2 Program Studi yakni:
- Jurusan Teknik Perkapalan dengan Program Studi Teknik Perkapalan
- Jurusan Teknik Permesinan Kapal dengan Program Studi Teknik Permesinan Kapal.
Pada Tahun 1996 Jurusan Permesinan Kapal membuka 3 Program Studi baru yakni:
- Program Studi Teknik Mesin
- Program Studi Teknik Sistem Perkapalan
- Program Studi Teknik Industri
Dengan Keputusan Rektor Universitas Pattimura No. 308/UN13/SK/2013, tanggal 02 Juli 2013 dan No. 309E/UN13/SK/2013, tanggal 05 Juli 2013, pembentukan minat program-program studi:
- Program Studi Teknik Sipil
- Program Studi Sistem Informasi Industri
- Program Studi Perencanaan Wilayah dan Kota
Dengan jenjang pendidikan yang ditawarkan adalah sarjana lengkap S1 dengan waktu studi 4 tahun dengan jumlah SKS sebanyak 160 kredit.
Susunan kepemimpinan Fakultas Teknik dari awal pendiriannya hingga saat ini adalah sebagai berikut :
Periode 1970 – 1972: Ir. L. Nanlohy (alm) (alumni ITB Bandung)
Periode 1972 – 1973: Ir. D. Pesurnay, M.Sc (alm) (alumni Russia)
Periode 1973 – 1975: Ir. A. F. Tutuhatunewa, M.Sc (alumni Russia)
Periode 1975 – 1978: Ir. D. Pesurnay, M.Sc (alm) (alumni Russia)
Periode 1978 – 1983: Ir. M. Wattimury (alm) (alumni ITB Bandung)
Periode 1983 – 1990: Ir. A. F. Salamony, M.Sc (alumni Russia)
Periode 1990 – 1995: Ir. J. Asthenu, M.Sc (alm) (alumni Russia)
Periode 1995 – 2001: Ir. Manuhutu, M.Sc (alumni Russia)
Periode 2001 – 2009: Ir. A. Gaspersz, M.Sc (alumni ITB Bandung)
Periode 2009 – 2013: Ir. J. Nanlohy. M.Eng (alumni Jepang)
Periode 2013 – 2017: Ir. D. Ilela. BSE, MT (alumni ITS Surabaya)
