Dalam amar putusannya, UU Nomor 31 Tahun 1997 dinyatakan bertentangan dengan UUD 1945. Ia tak mempunyai kekuatan hukum mengikat secara bersyarat sepanjang pembentuk undang-undang tidak mengubahnya paling lama dua tahun sejak putusan diucapkan.
Jika tenggat itu terlewati tanpa perubahan, UU itu tak lagi mempunyai kekuatan hukum mengikat. MK meminta penataan penyatuan peradilan militer dalam satu atap secara penuh, pengaturan pengadilan militer pertempuran, dan penyesuaian hukum acara.
Maka, tenggat tersebut menjadi pekerjaan rumah bagi DPR dan pemerintah. Mereka harus merumuskan definisi tindak pidana militer dan tindak pidana umum secara tegas, dan menetapkan batas kewenangan kedua lingkungan peradilan.
Pekerjaan legislasi ini perlu berlangsung terbuka. DPR dan pemerintah harus melibatkan ahli hukum, kalangan militer, organisasi masyarakat sipil, serta keluarga korban.
Reformasi juga harus menjaga profesionalitas TNI. Penataan kewenangan justru membantu institusi pertahanan menjalankan fungsi tersebut tanpa menimbulkan keraguan publik ketika prajurit menghadapi perkara pidana umum.
Keberhasilan reformasi tidak cukup diukur dari lahirnya undang-undang baru. Ukurannya terletak pada kepastian proses hukum, perlindungan korban, independensi hakim, dan pertanggungjawaban yang dapat diuji masyarakat.
