Secara internal, HMI diharapkan mampu melakukan pembumian konstitusi di era modern. Ini merupakan salah satu tantangan utama yang dihadapi oleh kader HMI era ini bagaimana membumikan konstitusi HMI di tengah gaya hidup modern. Kerap kader HMI juga abai terhadap pesan-pesan konstitusi HMI.
Tantangan berikutnya, terjadinya pendangkalan intelektualitas dan integritas, ini diindikasikan dengan masifnya kader HMI yang lemah menghadapi tantangan mengatasi pendangkalan intelektualitas dan integritas, serta lunturnya semangat berkarya di kalangan kader. Kader HMI tak lagi banyak bersuara di kampus-kampus dengan prestasi yang gemilang.
Tantangan selanjutnya, adalah konflik internal dan dinamika kepemimpinan yang kompleks. Konflik sering timbul akibat perbedaan interpretasi terhadap nilai-nilai organisasi, persaingan kepentingan personal, atau ketidakcocokan dalam gaya kepemimpinan. Dalam setiap peralihan kepemimpinan (Kongres atau Konperensi Cabang), yang terlihat adalah ketidakdewasaan dalam menghadapi konflik internal, sehingga berlarut-larut penyelesaiannya.
Untuk mengatasi tantangan-tantangan di atas, HMI perlu mengembangkan strategi yang adaptif dan transformatif, termasuk pembaruan kurikulum pelatihan, peningkatan literasi digital, dan penguatan nilai-nilai organisasi di kalangan kader. Pola perkaderan yang tidak lagi adaptif transformatif, sudah harus ditanggalkan.
