Kemudian, zona tersebut terbagi dalam beberapa area, antaranya Area I meliputi Perairan Pulau Rao-Tanjung Dehegila dengan luas 45.052,75 hektar meliputi zona inti dengan luas 1.426.91 ha, zona pemanfaatan berupa subzona pariwisata alam perairan seluas 417,12 ha, zona perikanan berkelanjutan luasnya 42.238,93 ha, dengan subzona penangkapan ikan 41.405,23 ha, subzona perikanan budidaya 833,70 ha.
Dan, zona lainnya 969,79 ha, meliputi subzona tambat labuh 32,97 ha, subzona pelestarian budaya 102,85 ha, subzona perlindungan mamalia laut 795,81 ha dan subzona rehabilitasi 38,16 hektar.
Area II dengan luas 13.060.,42 hektar yang meliputi zona inti 100,10 ha, zona pemanfaatan berupa subzona pariwisata alam perairan 899,11 ha dan zona perikanan berkelanjutan berupa subzona penangkapan ikan seluas 12.061,21 hektar.
Area III dengan luas 7.779,25 hektar yang meliputi zona pemanfaatan berupa subzona pariwisata alam perairan 837,99 ha, zona perikanan berkelanjutan berupa subzona penangkapan ikan 6.932,51 ha dan zona lainnya berupa subzona rehabilitasi dengan luas 8,75 hektar.
Ditegaskan, dalam Kepmen KP tersebut Pemerintah Daerah diberi kewenangan melakukan pengelolaan taman wisata perairan Pulau Rao-Tanjung Dehegila dan perairan sekitarnya yang telah ditetap.
