Sebelum itu, sudah ada perencanaan tentang beberapa tokoh yang akan mengisi jabatan dalam pemerintahan RMS.
Susunan pemerintahan RMS meliputi J.H. Manuhutu selaku Presiden, Albert Wairisal sebagai Perdana Menteri, dan menteri-menteri (Soumokil, D.J. Gasperz, J. Toule, S.J.H. Norimarna, J.B. Pattiradjawane, P.W. Lokollo, H.F. Pieter, A. Nanlohy, Manusama, dan Z. Pesuwarissa).
Posisi Wakil Presiden RMS yang masih kosong kemudian diisi oleh J.P. Nikijuluw. Lalu, pada 3 Mei 1950, ternyata Soumokil yang diangkat menjadi Presiden RMS, menggantikan Manuhutu.
Bukan hanya pemerintahan, RMS juga membangun bidang militernya. Pada 9 Mei 1950, Angkatan Perang Republik Maluku Selatan (APRMS) dinyatakan sebagai kumpulan tentara RMS.
D.J. Samson, Sersan Mayor KNIL, ditunjuk menjadi panglima tertinggi. Sedangkan, susunan militer bawahannya disesuaikan dengan sistem jabatan KNIL.
Akhir Pemberontakan RMS
NKRI memandang gerakan RMS sebagai pertentangan terhadap pemerintahan yang sah. Maka, dilakukan beberapa upaya untuk mengatasinya.
Pertama, Johannes Leimena diutus sebagai wakil pemerintah pusat untuk mengadakan perundingan dengan RMS, tapi ditolak. Akibatnya, pemerintah terpaksa mengerahkan kekuatan militer dengan dengan dipimpin oleh Kolonel A.E. Kawilarang.
