Pemberontakan pun terjadi karena putus asa menuruti keyakinan adanya samudera yang akan mengantar mereka lebih singkat ke Kepulauan Rempah-Rempah.
Beberapa orang mulai tidak mau mematuhi perintah, dan tidak mau memanggil Magellan dengan sebutan kehormatan. Magellan bahkan diancam akan ditikam.
Ketika rombongan itu mencapai Rio de Janeiro dan berlabuh, hukuman dijatuhkan. Mereka yang memberontak diturunkan pangkatnya, dan seorang awak kabin yang melakukan sodomi terhadap awak lain yang lebih muda, dihukum mati dengan cara dicekik.
Tapi sebagai catatan, Rio de Janeiro ketika itu telah “ditemukan” oleh pelaut Portugis sebelumnya sehingga yang memiliki “hak kepemilikan” adalah Portugis. Hingga saat ini, bahasa di Brasil adalah bahasa Portugis sedangkan sebagian besar negara Amerika Latin menggunakan bahasa Spanyol.
3. Pembantaian dan kapal karam
Hukuman kejam yang dijatuhkan oleh Magellan beberapa krunya, memiliki pengaruh. Kebencian mereka terhadap pemimpin itu semakin membesar. Ini nanti akan berdampak buruk bagi rombongan tersebut.
Setelah dari Rio, Armada de Molucca melanjutkan perjalanan di sepanjang pantai menuju ke selatan, yang saat ini adalah Argentina. Tapi selama tiga bulan mereka mencari jalan dan sempat tersesat di muara Rio de la Plata yang dangkal, mereka akhirnya istirahat menunggu badai musim dingin yang menghantam.
