Rombongan itu berlindung di Saint Julian dan bertahan selama lima bulan sambil mengurangi jatah makan, yang itu semakin menimbulkan kebencian kepada sang pemimpin armada.
Tak lama setelah berada di St. Julian, pemberontakan kembali dilakukan. Tiga kapten kapal yang berasal dari Spanyol, yakni Juan de Cartagena, Gaspar de Quesada dan Luiz Mendoza memberontak.
Dalam upaya sengit untuk memadamkan pemberontakan, Mendoza terbunuh selama konflik. Sedangkan Quesada dipenggal, tubuhnya dimutilasi dan dipajang sebagai cara untuk memberikan pukulan mental bagi siapa saja yang akan berani memberontak. Sementara Cartagena ditinggal di darat.
Beberapa awak kapal lain dihukum kerja paksa di kapal dan tidak dihukum kejam karena Magellan masih membutuhkan tenaga mereka selama perjalanan menuju Kepulauan Rempah-Rempah.
Kapal Santiago kemudian dikirim lebih dulu untuk mencoba menjajaki wilayah. Sialnya kapal disapu badai dan hancur terdampar. Beruntungnya, awak kapal sebagian besar selamat. Kini Armada de Molucca berarti hanya tinggal empat kapal saja.
4. Pemberontakan berulang dan kapal berputar pulang
Semua awak kapal Santiago akhirnya bisa diselamatkan di ditempatkan di empat kapal yang tersisa. Setelah perjalanan yang sulit, pada tanggal 21 Oktober 1520, lebih dari setahun ketika mereka memulai ekspedisi, akhirnya menemukan sebuah selat yang ia cari.
