Pembangunan Ambon pascakonflik membuat kesadaran masyarakat Ambon untuk menjaga dan merawat perdamaian di Ambon. Mereka umumnya sudah tidak mau berada dalam kondisi konflik sosial dan agama yang sangat merugikan masyarakat Ambon dari semua aspek. Untuk memperingati perdamaian Ambon, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, pada periode kedua menjabat meresmikan Monumen Gong Perdamaian di Kota Ambon pada tanggal 25 November 2020.
Penyelesaian konflik harus diikuti dengan pembangunan dan penegakan hukum untuk pemenuhan rasa keadilan dari masyakat. Penegakan hukum dilakukan selepas perjanjian Malino II, dengan mengembalikan aset, dari para pengungsi yang ditinggalkan akibat konflik. Rumah para pengungsi yang telah hangus terbakar dibagun kembali. Berbagai fasilitas umum, seperti rumah ibadah, masjid, gereja, dibangun oleh pemerintah. Fasilitas pendidikan, kesehatan dan pusat-pusat ekonomi dibangun dan difungsikan kembali, agar masyarakat dapat merasakan kehidupan secara normal.
Konflik Ambon yang berlangsung dalam waktu yang lama antara tahun 1999-2021 menyebabkan banyaknya korban jiwa, cacat fisik, depresi mental dan kerusakan infrastuktur di Ambon. Konflik Ambon 1999 menyebabkan Ambon menjadi kota yang tertinggal, puluhan tahun terbelakang, tertinggal dalam bidang pendidikan, ekonomi, dan infrastruktur layanan publik. Konflik yang berkepanjangan menyebabkan tidak adanya jaminan keamanan dan kepastian hukum untuk berinvestasi di Ambon. Ini menyebabkan pendapatan daerah dan peluang kerja di Ambon menjadi rendah. Semasa konflik, tingkat pengangguran sangat tinggi di Ambon.
