Anggota Badan Anggaran (Banggar) dari Fraksi Partai Keadilan Sejahtera (FPKS) ini juga beranggapan program ini terindikasi terjadi penyimpangan dengan temuan adanya kelebihan pembayaran subsidi kepada operator.
Hal ini diperkuat dengan Hasil Pemeriksaan BPK Semester II 2020 yang mendapati temuan di antaranya perencanaan trayek tol laut belum dilaksanakan secara memadai, seperti tidak memperhatikan fasilitas sarana dan prasarana pelabuhan yang kurang memadai. Akibatnya trayek tol laut berpotensi tidak dijalankan sesuai rute yang ditetapkan.
Sigit pun beranggapan pelayaran kapal pada trayek angkutan barang tol laut belum sepenuhnya menyinggahi pelabuhan secara tetap dan teratur sesuai dengan jadwal dan surat keputusan (sk) trayek.
Di sisi lain, realisasi waktu tempuh pelayaran kapal tol laut belum sepenuhnya sesuai dengan kontrak dan sk trayek. Hasil pemeriksaan atas realisasi waktu tempuh kapal tol laut secara uji petik pada beberapa trayek, ditemukan bahwa realisasi waktu tempuh kapal-kapal tol laut belum sepenuhnya sesuai dengan target waktu tempuh dalam sk trayek dan kontrak.
Hal ini mengakibatkan belum terjaminnya ketersediaan pelayanan tol laut yang tepat waktu bagi pengguna jasa, pelayanan kapal tol laut belum sepenuhnya mampu menjaga ketersediaan barang-barang kebutuhan pokok khususnya di wilayah Indonesia Timur akibat belum lancarnya arus pelayaran kapal yang digunakan untuk mengangkut barang, pengguna jasa kapal tol laut belum dapat memanfaatkan pelayanan tol laut secara optimal, karena kapal tol laut belum mampu memenuhi ketepatan waktu pelayaran.
