Atas permasalahan-permasalahan itu, BPK telah memberikan tiga rekomendasi utama untuk perbaikan kepada Ketua KPK agar dijalankan. Pertama, melakukan penyempurnaan terhadap Perkom Nomor 7 Tahun 2020 sesuai dengan tahapan dan prosedur yang seharusnya, dengan memperhatikan tugas dan kewenangan yang tercantum dalam UU Nomor 19 Tahun 2019, serta memperhatikan tupoksi masing-masing unit kerja pelaksana.
Kedua, menyusun SOP terintegrasi terkait penetapan dan perubahan area intervensi, indikator, dan subindikator MCP, pelaksanaan monev, dan verikasi/penilaian, dengan mempertimbangkan empat aspek. Satu, fokus area yang tercantum pada Strategi Nasional Pencegahan Korupsi. Dua, perbedaan kemampuan, kondisi, serta karakter yang berbeda dari masing-masing pemda.
Tiga, mekanisme pemutakhiran indikator dan subindikator yang dapat dilakukan pada tahun berjalan maupun sebagai respons atas force majeure. Empat, pendapat ekspert pada bidang yang berkaitan dengan area intervensi, indikator, dan subindikator.
Ketiga, menetapkan SOP yang mengatur mekanisme mencakup dua aspek. Satu, pengelolaan benda titipan di tahap penyelidikan dan menginventarisir data benda titipan yang ada pada kasatgas, termasuk pendokumentasian STPB dan STPU yang transparan. Dua, pendokumentasian STPBB dan proses rekonsiliasi data yang transparan antara Direktorat Penyelidikan dan Direktorat Labuksi.
