Ketika kapal Trinidad dan Victoria telah penuh dengan rempah-rempah, khususnya cengkeh, mereka meninggalkan Tidore. Tapi sial, Trinidad rusak dan harus bertahan untuk diperbaiki. Raja Tidore saat itu, dalam catatan Pigafetta, memerintahkan 225 tukan kayu untuk membantu memperbaiki.
Victoria akhirnya berangkat lebih dulu dan Trinidad akan menyusul kemudian. Kapal Victoria yang dipimpin oleh Elcano meluncur menuju Ambon, kemudian ke Timor, dan memilih jalur selatan pulau Jawa untuk mengarungi Samudera Hindia, langsung menuju Tanjung Harapan di Afrika Selatan.
Elcano melanjutkan perjalanan dan sebelum sampai Spanyol, singgah di Tanjung Verde. Pada hari Senin, 8 September 1522, akhirnya kapal Victoria itu sampai di Sevilla dengan penuh muatan rempah-rempah. Sebanyak 381 karung cengkeh yang dimuat, jauh lebih mahal dari pada biaya perjalanan lima kapal Armada de Molucca.
Pada hari Selasa, rombongan itu menuju gereja Santa Maria de la Victoria, tempat awal Ferdinand Magellan disumpah. Hanya saja, ketika Magellan dulu berangkat dengan 270 orang, kini tinggal 18 orang saja, dengan kondisi tubuh kurus kering.
Dengan perkiraan ekspedisi akan selesai dalam delapan bulan, faktanya, butuh faktu tiga tahun ekspedisi itu baru selesai. Selain itu, dari lima kapal yang dikirim, hanya satu kapal yang sukses membawa rempah-rempah.
