Faktanya bahwa MKDKI hanyalah perpanjangan tangan dalam menjalankan sebagian kewenangan Konsil Kedokteran Indonesia (KKI) di bidang penegakan disipilin, sehingga tidak sesuai dengan prinsip kemandirian institusi peradilan.
Sedangkan secara normatif, MKDKI telah melakukan fungsi peradilan dikarenakan telah memeriksa, menilai alat bukti dan memutuskan suatu kesalahan profesionalitas keilmuan dokter. Bahkan putusan MKDKI bisa menjadi direct evidence dalam pembuktian, baik dalam hukum acara pidana maupun hukum acara perdata.
Persoalan serius adalah MKDKI dalam putusannya tidak mengenal banding atau evaluasi. Hal ini yang membuat kalangan dokter dirugikan secara konstitusional. Padahal pelayanan kesehatan oleh pemerintah meliputi hal-hal yang luas, diantaranya mengatur (regelendaad), mengurus (bestuurdaad), mengeluarkan kebijakan (beleid), mengelola (beheersdaad), dan mengawas (toezichtoundensdaad).
Menurut penulis, upaya yang dapat dilakukan untuk membangun peradilan profesi medis di bawah Mahkamah Agung Republik Indonesia adalah Presiden dan DPR RI harus membuat undang-undang baru terkait kekuasaan kehakiman yang mana memasukan peradilan profesi medis bagian dari peradilan umum seperti halnya peradilan niaga hari ini.
