Salah satu kisah populer, meski masih diragukan, adalah kisah yang berasal dari Jenderal Uzi Narkiss saat memimpin pasukan Israel dalam merebut Kota Tua pada 1967. Dia mengklaim bahwa Shlomo Goren, yang saat itu adalah kepala rabbi militer dan kemudian kepala rabbi Israel, mendesaknya merebut Kota Tua untuk meledakkan Masjid Al Aqsa.
Meski Goren dan yang lainnya membantah cerita Narkiss, Goren sendiri adalah sosok rabbi yang populer karena menganjurkan beribadah di Temple Mount. Ini kemudian memicu kontroversi pada Agustus 1967 ketika dia memimpin sekelompok jamaah untuk berdoa di situs tersebut. Tindakannya memicu protes dari Muslim, Yahudi sekuler, dan Kepala Rabbi Yerusalem, yang menyatakan kembali bahwa orang Yahudi dilarang berdoa di situs tersebut.
Terlepas dari larangan orang Yahudi memasuki halaman Masjid Al Aqsa, selama bertahun-tahun kelompok pemukim Israel telah memasuki kompleks masjid dengan perlindungan dari penjaga keamanan Israel. Sampai saat ini mereka biasanya dicegah melakukan ritual keagamaan, kecuali secara diam-diam, untuk mencegah memprovokasi jamaah Muslim.
Mungkin insiden provokatif Israel yang paling terkenal di Al-Aqsa terjadi pada 28 September 2000, ketika pemimpin oposisi Israel saat itu Ariel Sharon memasuki halaman Masjid Al Aqsa. Ia dikawal oleh lebih dari 1.000 petugas polisi Israel. Sharon saat itu menyatakan Al Aqsa akan selamanya berada di bawah kendali Israel.
