Sepeninggal Verhoeven, Laksamana Simon Janszoon Coen menjadi pemimpin baru. Ia menyelesaikan pembangunan Benteng Nassau.
Pada 1617 Heeren Zeventien menunjuk Jan Pieterzoon Coen sebagai Gubernur Jenderal. Setelah mendirikan markas besar VOC di Batavia, Coen ingin merealisasikan monopoli pembelian pala di Banda. Sebelumnya Belanda tak mampu melakukannya karena harga jual pala mereka lebih mahal ketimbang Inggris, bahkan penduduk lokal. Coen beranggapan monopoli pala baru bisa dilakukan hanya dengan mengusir dan melenyapkan penduduk asli Banda.
Pada 1621, Coen memimpin sendiri pendudukan Pulau Banda. Berangkatlah armada berkekuatan 13 kapal besar, sejumlah kapal pengintai, dan 40 jungku dan sekoci. Ia membawa 1.600 orang Belanda, 300 narapidana Jawa, 100 samurai Jepang, serta sejumlah bekas budak belian. Begitu sampai di Benteng Nassau, Coen dan pasukannya menyerang Pulau Lontor dan berhasil menguasai seluruh pulau. Desa Selamon dijadikan markas besar. Balai desanya jadi kantor Gubernur Banda Kapten Martin ‘t Sonck. Masjid di sebelah balai jadi penginapan pasukan, meski Orangkaya Jareng dari Selamon keberatan.
Pada suatu malam, lampu gantung dalam masjid terjatuh. Mengira akan ada serangan, t’Sonck menuduh penduduk Lontor. Malam itu juga, t’Sonck mengerahkan tentaranya untuk mengejar penduduk yang melarikan diri ke hutan dan puncak gunung. Penduduk yang ditemukan, dibunuh. Rumah dan perahu dibakar atau dihancurkan. Mereka yang berhasil lari, sekitar 300 orang, mencari perlindungan pada Inggris atau ke Pulau Kei dan Aru. Tak kurang dari 2.500 orang meninggal, karena ditembak, dianiaya, atau kelaparan. Dari 14.000 orang rakyat Banda, jumlah penduduk asli kepulauan Banda tinggal 480 orang setelah peristiwa pembantaian itu.
