Namun, hubungan keduanya memburuk hingga al-Tusi berada di bawah pengawasan Istana Alamut, Ismaili, selama 22 tahun. Walaupun hidup dengan berat, al-Tusi banyak menghasilkan karya gemilang dalam bidang astronomi, filsafat, logika, dan sains.
Karya-karya Besar Al Tusi
Pada 1256 M, ketika Ismaili di serang oleh Hulagu Khan, al-Tusi mendapatkan kembali kebebasannya. Ia bahkan diangkat menjadi penasihat Pemerintahan Mongol. Dua tahun kemudian, al- Tusi mendapatkan izin dari Hulagu untuk membangun observatorium astronomi terbesar di dunia Islam, Observatorium Maragha, yang selesai dibangun pada 1259 M. Al-Tusi tetap berada di bawah rezim Abaka Khan, penerus Hulagu Khan, hingga ia wafat pada 1274 M.
Al-Tusi adalah figur cendekiawan dalam tradisi keilmuan Islam yang memberikan kontribusi yang besar dalam sejarah. Ia adalah salah satu penulis produktif pada zaman Islam periode pertengahan. Ia telah menulis buku berbahasa Persia dan Arab lebih dari 150 judul, menulis tentang agama dan bidang keilmuan lainnya.
Ia cendekiawan termasyhur pada masa Ottoman (Turki Usmani). Buku-buku nya banyak tersebar di perpustakaan Ottoman dan dijadikan rujukan pengajaran di madrasah.
Karyanya banyak di gunakan dan dialihbahasakan menjadi bahasa Turki oleh banyak cendekiawan Ottoman. Karya karyanya berupa anotasi dan buku, disalin, dialihbahasakan, dan dicetak. Termasuk pula, karya tentang Observatorium Maragha yang disalin dan direvisi oleh Taqi al-Din Rasid di Istanbul pada akhir abad ke-16 M. Hal ini menunjukkan, al-Tusi tidak hanya memengaruhi keilmuan pada periode Ottoman, tetapi juga turut mengembangkan astronomi pada zamannya.
