Ia aktif dalam dialog lintas agama, mengunjungi situs Auschwitz sebagai simbol penolakan terhadap kekejaman kemanusiaan, berbicara di sinagoga, bertemu para rabi, dan mendorong kerja sama lintas iman.
Di saat sama, ia tetap berdiri dalam tradisi Sunni yang kuat, tanpa kehilangan pijakan identitasnya. Ini kombinasi yang tak mudah, karena setiap langkah selalu diawasi dari dua arah: dari dalam yang khawatir kehilangan kemurnian, dan dari luar yang menuntut keterbukaan.
Dalam konteks Syiah, pandangan al-Issa justru terasa seperti upaya merapikan rumah yang sudah lama penuh prasangka. Ia membedakan dengan tegas antara “mazhab” sebagai hasil dialektika ilmu, dengan “sektarianisme” sebagai produk politik.
Ia menyatakan bahwa Syiah adalah bagian dari umat Islam, saudara dalam lingkaran yang sama, selama masih bersaksi pada syahadat dan menghadap kiblat yang satu.
Tetapi pada saat yang sama, ia tidak menutup mata terhadap praktik politik Iran yang dinilainya merusak stabilitas kawasan. Di sinilah letak keseimbangannya: mengkritik tanpa menggeneralisasi, membedakan tanpa memecah.
Lebih jauh, al-Issa juga menunjukkan penghargaan terhadap tradisi keilmuan Syiah. Ia mengakui mengenal dan bahkan mengambil manfaat dari karya-karya tokoh seperti Muhammad Baqir al-Sadr dan Murtadha Muthahhari.
