Konflik Ambon tidak bisa didekati dengan cara adversial, yaitu melihat penyelesaian konflik dengan pendekatan kalah atau menang, kita melawan mereka, dan harus memenangkan perundingan secara keseluruan. Penyelesaian perundingan Malino II harus dilihat dengan pendekatan reflektif, yakni masing-masing utusan perunding harus terbangun rasa empati dan kesadaran bahwa konflik yang terjadi di Ambon, telah mengakibatkan penderitaan, kesengsaraan, dan korban baik materi maupun korban jiwa. Maka itu, konflik harus diakhiri untuk kepentingan bersama. Dalam melakukan negosiasi para utusan harus berpikir integratif dengan melihat kebutuhan dan keinginan kedua kelompok komunitas bukan hanya mengutamakan kepentingan sendiri. Sebab, apabila dalam negosiasi ada pihak yang merasa dirugikan, perdamaian mungkin bisa disepakati dalam perundingan, tetapi tidak bisa dilaksanakan di lapangan.
Dalam era pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla, kondisi Ambon berangsur-angsur normal, mulai terbangun kesadaran masyarakat untuk menjaga perdamaian secara kolektif. Era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, yang berpasangan dengan Jusuf Kalla sebagai Wakil Presiden, memberikan perhatian terhadap percepatan pembangunan dan relokasi pengungsi di Ambon. Berbagai fasilitas umum seperti rumah ibadah masjid dan gereja, kampus, sekolah, pasar, puskesmas, rumah sakit yang sempat mengalami kehancuran dibangun kembali. Pemerintah kemudian melakukan relokasi pengungsi dan membangun kembali rumah para pengungsi yang mengalami kehancuran.
