Isu yang memunculkan tarik-menarik dalam perjanjian Malino II salah satunya adalah tuntutan dari komunitas Kristen untuk penarikan Laskar Jihad dari Ambon, sementara Komunitas Islam menuntut untuk pembubaran dan penangkapan terhadap anggota FKM (Front Kedaulatan Maluku) yang berafiliasi kepada gerakan separatis RMS. Perjanjian Malino II adalah inisiatif dari pemerintah pusat untuk mendamaikan pertikaian yang terjadi di Ambon, demi tetap tegaknya negara Kesatuan Republik Indonesia. Dalam perundingan Malino II, tidak lagi membicarakan siapa yang benar dan siapa yang salah, tetapi mencari solusi agar dapat keluar dari konflik dan kembali pada kehidupan normal yang damai.
Kesepakatan damai dalam Malino II tidak akan tercapai apabila para utusan perwakilan komunitas Islam, komunitas Kristen Protestan dan komunitas Kristen Katolik memiliki pandangan dan persepsi yang berbeda. Pemerintah sebagai fasilitator perundingan berhasil membangun komunikasi dan kepercayaan dari masing-masing utusan perundingan bahwa perundingan damai yang mereka lakukan bukan untuk mengakui kekalahan satu dengan yang lain, tetapi mengakomodir berbagai berbagai keinginan bersama dan menyelesaikan berbagai permasalahan yang dihadapi oleh masing-masing komunitas.
