Yang menarik, Y16ZR-R menjadi motor underbone Yamaha pertama yang dibekali Traction Control System (TCS). Fitur ini membantu mengurangi risiko roda belakang selip ketika motor berakselerasi di permukaan licin.
Sistem pengeremannya menggunakan cakram 267 mm di depan dan belakang. Rem depan dibekali kaliper dua piston serta ABS, sedangkan bagian belakang menggunakan kaliper satu piston. ABS-nya masih single-channel.
Fitur lain yang ditambahkan adalah Twin Funnel Intake System. Sistem tersebut dirancang untuk membuat suara hisapan udara dari mesin terdengar lebih jelas saat gas dibuka lebar.
Y16ZR-R juga mendapat panel instrumen LCD baru yang sudah terhubung dengan smartphone melalui aplikasi Y-Connect. Pengendara bisa mendapatkan informasi seperti notifikasi telepon dan pesan, konsumsi bahan bakar, data perawatan, hingga lokasi terakhir kendaraan.
Untuk versi spesial, Y16ZR-R Pramac Racing Replica hadir dengan livery tim Yamaha Prima Pramac MotoGP. Tak cuma berbeda tampilan, versi ini juga mendapat sokbreker belakang Öhlins yang bisa disetel.
Setiap unitnya memiliki nomor seri khusus dan produksinya dibatasi hanya 3.000 unit. Dengan tambahan tersebut, harga versi Pramac lebih mahal 2.500 Ringgit dibanding model standar.
