Laporan media ini mengesankan bahwa Sultan Hamengku Buwono IX berada di Istana/dalam kota Yogya sehari setelah serangan 1 Maret terjadi. Artinya, beliau tampaknya tetap berada di dalam kota ketika serangan itu terjadi. Kolonel Soeharto sendiri tampaknya tidak berada di dalam kota Yogya. Dari laporan berbagai media sepanjang bulan itu dan bulan-bulan selanjutnya dapat dikesan bahwa hubungan antara Sri Sultan Hamengku Buwono IX dengan Kolonel Soeharto sangat rapat.
Sudah sejak sebelum Belanda melancarkan agresi ke-2, Sultan sudah memerintahkan Kolonel Soeharto pada bulan Februari 1949 untuk menata keamanan Kota Yogyakarta. Menurut Sri Sultan, Yogya saat itu memiliki 2.000 pasukan terpilih dan berdisiplin, terdiri dari 600 T.N.I. dan sisanya polisi. Kolonel Soeharto diminta untuk dapat mengendalikan kelompok-kelompok yang berpotensi menimbulkan kerusuhan dan untuk tidak melakukan kontak senjata dengan pihak Belanda.
Jenderal Sudirman, yang tidak berhasil ditangkap oleh Belanda, terus melanjutkan perang gerilya bersama pasukan TNI dan kelompok-kelompok laskar rakyat lainnya. “Tuhan bersama kita,” ungkapnya, sebagaimana dikutip oleh ‘Nieuwe Apeldoornsche courant’ (Apeldoorn), Senin 14-03-1949.
