Konflik Ambon memberikan pelajaran yang berharga bagi masyarakat. Perdamaian dapat terwujud berkat kerja sama semua pihak, pemerintah, tokoh masyarakat dan civil society. Sebagai pembelajaran dari konflik Ambon, perlu dipikirkan manajemen masyarakat plural, sebagai tata kelola masyarakat yang majemuk yang komprehensif dan berkeadilan bagi semua identitas yang berbeda-beda.
Pascakonflik Ambon, TNI dan Polri bersama pemda melakukan berbagai program untuk peningkatan kesejahteran masyarakat, terutama untuk memperkuat ketahanan pangan. Program dari Pangdam XVI Pattimura (2015-2017) Mayjen TNI Doni Monardo, yang dikenal dengan Emas Biru dan Emas Hijau, mendapat apresiasi yang tinggi dari masyakat Maluku. Program Emas Biru dan Emas Hijau adalah pelibatan masyarakat dalam pengembangan sumber daya laut dan pertanian, yang berdampak pada peningkatan ekonomi masyakat pesisir dan agraris di Maluku.
Perdamaian di Ambon tercapai, lewat pendekatan tidak hanya oleh pemerintah pusat top down, tetapi juga atas inisiatif dan peran aktif dari tokoh agama, tokoh masyarakat, akademisi, pemerintah daerah bottom up. Perjanjian damai Ambon, yang ditandatangani di Malino II Sulawesi Selatan, tidak hanya melibatkan pihak pihak yang berkonflik, dari komunitas Kristen Protestan, Kristen Katolik, dan Islam, tetapi ikut menandatangani perwakilan pemerintah, sebagai representasi kehadian negara, negara ikut bertanggung jawab menjaga dan mengawal perdamaian damai di Ambon. Negara harus memberikan pelindungan keamanan kepada semua warga negara, tanpa melihat status sosial.
