Sebelum Peristiwa Andi Azis meletus pada 5 April 1950, Soumokil mengundang Andi Azis ke rumahnya di Makassar pada malam hari 4 April 1950. Malam itu, beberapa KNIL asal Ambon sudah siap tempur menghalau pasukan dari Jawa. Keesokan harinya, pasukan yang dipimpin Andi Azis bergerak menyerang kantor staf kwartier dan asrama CPM di Jalan Walter Mongisidi. Pertempuran tidak terhindarkan
Ketika Makassar rusuh, Soumokil masih di dalam kota. Namun pada 12 April 1950, dengan pesawat militer Belanda, Soumokil terbang ke Ambon dengan lebih dulu singgah di Manado. Sebelum terbang, ia masih sempat bertemu Andi Azis. Dalam pertemuan itu, seperti ditulis Rosihan Anwar, dalam Sejarah Kecil: La Petite Histoire Indonesia (2004), ia berkata kepada Andi Azis: “Jika ose (Anda) mati, beta akan berjuang sampai titik darah penghabisan.”
Dua hari setelahnya, Andi Azis yang sudah hancur reputasinya di mata pemerintah pusat dan petinggi APRIS karena peristiwa 5 April 1950 itu, terbang ke Jakarta. Dia hendak melaporkan diri dan mempertanggungjawabkan apa yang dilakukan pasukannya. Begitu mendarat di Bandara Kemayoran, Andi Azis langsung dibekuk dan kemudian ditahan.
Sementara Soumokil sendiri tiba di Ambon pada 13 April 1950. Suasana di Ambon saat itu sudah cukup panas. Bekas KNIL, terutama dari pasukan khusus baret hijau dan baret merah KNIL, saat itu menjadi penguasa kota. Bersama pasukan itulah, Soumokil mengajak para tokoh di Ambon untuk memproklamasikan RMS pada 25 April 1950.
