Di saat yang bersamaan, Komandan RMS juga merencanakan suatu serangan besar-besaran terhadap pos pertahanan TNI untuk mematahkan kepungan. Sehingga terjadilah pertempuran sengit antara pasukan RMS yang berintikan pasukan Baret Hijau dan Baret Merah (mantan Angkatan Udara Belanda) dengan pasukan TNI.
Di samping penyergapan kedua grup pasukan pimpinan Letnan Kolonel Slamet Riyadi dan Mayor Surjo Subandrio, pasukan grup pimpinan Mayor Achmad Wiranatakusumah yang belum mendarat, didaratkan di Benteng Victoria di punggung Kota Ambon dengan tujuan merebut Kota Ambon.
Dalam pertempuran beberapa jam di Waitatiri, pasukan RMS dapat dipukul mundur. Dua ribu orang sisa pasukannya bersenjatakan sten dan bren serta empat buah panser kemudian bergerak menuju kota Ambon untuk kembali bertahan. Pasukan Achmad Wiranatakusumah yang didaratkan pagi hari, pada sore harinya dapat menguasai keadaan.
Namun karena kelelahan, akhirnya pasukan TNI kurang waspada. Pasukan RMS pun memanfaatkan kondisi ini dengan menyamar sebagai TNI dan membawa bendera Merah Putih. Mereka mulai menyerang pasukan TNI. Suasana menjadi kacau dan sulit membedakan mana kawan dan lawan.
Akibatnya, sepanjang malam terjadi pertempuran di antara kedua kelompok. Perkelahian seorang lawan seorang tidak terhindarkan lagi sampai menjelang pagi hari dan menimbulkan banyak korban.
