Pane tumbuh dalam lingkungan nasionalis-muslim. Neneknya adalah adik kandung dari Syekh Badurrahman Pane, ulama besar dan karismatik di Sipirok. Keluarga Lafran juga tercatat sebagai keluarga sastrawan dan seniman. Kedua kakak kandungnya, Sanusi Pane (1905-1968) dan Armijn Pane (1908-1970) merupakan tokoh sastrawan Indonesia.
Sejak remaja hingga menjelang dewasa, Lafran menjadi anak yang mandiri dan cenderung menjadi ‘pemberontak’. Saat berumur dua tahun sang ibu wafat, membuatnya kehilangan kasih sayang seorang ibu. Ia menjalani pendidikan dasar tidak hanya di sekolah bercorak agama (pesantren dan sekolah Muhamadiyah) tapi juga yang bercorak nasionalis (Taman Antara di Sipirok, Taman Siswa di Medan, dan Taman Dewasa Raya di Jakarta). Situasi penjajahan yang melanda Indonesia membuatnya hidup berpindah-pindah mengikuti sang Ayah bertugas, termasuk dalam urusan pendidikan. Lafran sering berpindah sekolah ketika ia tinggal di Sibolga, Sipirok, Medan, maupun di Jakarta, dan beberapa kali gagal menyelesaikannya hingga akhir. Namun di setiap sekolah yang pernah dimasukinya, Lafran dikenal sebagai sosok murid yang cerdas meskipun sering berbuat nakal.
Akhirnya, Lafran Pane meneruskan sekolahnya di kelas tujuh di HIS Muhammadiyah, kemudian melanjutkan sekolahnya di Sekolah Tinggi Islam.
