Untuk menyelesaikan kemelut Kesultanan Jailolo, Gubernur Jenderal akhirnya mengutus Pieter Merkus – saat itu menjabat sebagai anggota Raad van Indie – ke Ambon. Pemecahan masalah yang diusulkan Merkus terdiri dari dua alternatif:
- Sultan Jailolo II di Seram Pasir dipensiunkan dan diganti dengan Hajuddin sebagai Sultan
Jailolo III. - Kesultanan Jailolo dibubarkan dan seluruh keluarga kerajaan diasingkan.
Alternatif pertama gagal dijalankan, karena Hajuddin menolak menggantikan kakaknya. Gubernur Ellinghuizen, yang menjadi juru runding Pemerintah Belanda, akhirnya melaksanakan alternatif kedua. Pada akhir 1832, Ellinghuizen mengunjungi Wahai. Dengan alasan untuk mengadakan perundingan di atas kapal yang sengaja didatangkan ke Wahai, Gubernur mengundang Sultan Jailolo II, Raja Muda Hajuddin, Jogugu Jamaluddin, dan Kapita Laut Kamadian, beserta seluruh keluarga mereka – semua berjumlah 60 orang – ke atas kapal. Setelah semuanya berada di atas kapal, mereka ditangkap dan kapal itu pun berlayar menuju Ambon.
Dari Ambon, rombongan tahanan Kesultanan Jailolo diangkut dengan dua kapal keBatavia, kemudian ke Cianjur, tempat mereka diasingkan. Kesultanan Jailolo di Seram Pasir pun dilikuidasi, dan berakhirlah kasus Kesultanan Jailolo. Pada 1844, rombongan tahanan Kesultanan Jailolo – kecuali Hajuddin dan Jamaluddin, putera Sultan Jailolo II – dikembalikan lagi ke Maluku.
