Akibatnya, Belanda menyerbu Tidore dan merampas benteng-benteng kesultanan itu pada Nopember 1806. Zainal Abidin mengerahkan armadanya untuk menangkal serbuan tersebut,tetapi upayanya menemui kegagalan.16 Tentara Belanda juga menyerbu Soasio, ibukota Tidore, dan membumihanguskannya, termasuk istana Salero. Para sangaji dan kimalaha yang menjadi anggota Dewan Kerajaan dipaksa menandatangani perjanjian yang menempatkan Tidore langsung di bawah pemerintahan Belanda, selama sultan baru belum diangkat. Perjanjian ini dipaksakan Belanda lantaran naiknya Zainal Abidin ke atas takhta Tidore menggantikan Nuku tidak sepengetahuan dan seizin Belanda.
Demikian juga, Belanda melarang komunikasi antara para bobato Tidore dengan rekan-rekannya di Halmahera Timur, serta menjanjikan amnesti kepada seluruh bangsawan Tidore yang bersedia bekerjasama, terkecuali Sultan Jailolo. Sebelum Belanda menyerbu Tidore, Zainal Abidin, Sultan Jailolo dan sejumlah bangsawan Tidore telah menyingkir ke Halmahera Timur. Zainal Abidin menuju ke Patani, dan Sultan Jailolo membangun markasnya di Weda. Ketika Belanda menyerbu Weda dan menghancurkan markasnya, Sultan Jailolo masuk hutan serta berkelana di pedalaman Weda. Pada 1807, Sultan Jailolo pertama, Muhammad Arif Billa, wafat karena kecelakaan. Billa mati tergelincir ke dalam sebuah jurang dan dimakamkan di dekat sebuah sungai di Weda.Setelah Sultan Muhammad Arif Billa wafat, ia digantikan oleh puteranya, Kimalaha Sugi sebelumnya menjabat sebagai Ngofa Jou (putera mahkota).
