Komando Pasukan Maluku Selatan pada tahun 1950 mulai melakukan gerakan Operasi Militer di Pulau Buru, Pulau Seram, Pulau Ambon dan Pulau-pulau Lease untuk merebut kembali pulau-pulau itu dari tangan RMS.
Setelah berhasil dalam gerakan operasinya, maka berdasarkan Penetapan KSAD pada 30 Agustus 1950 Komando Pasukan Maluku Selatan diubah menjadi Komando Pasukan D atau Kompas D di bawah pimpinan Letkol J.F. Warouw.
Kemudian pada 5 Juli 1952 Kompas D diubah menjadi Resimen Infanteri 25 atau RI 25 dengan Komandan Letkol Sukowati.
Pada 27 Mei 1957 KSAD menetapkan Komando Daerah Militer Maluku dan Irian Barat disingkat KDM-MIB, dengan pejabat Pangdam pertama Kolonel Herman Pieters dan pada 24 Oktober 1959 Komando Daerah Militer Maluku dan Irian Barat diubah menjadi Kodam Maluku Irian Barat disingkat Kodam MIB dengan nama Pattimura.
Di dalam proses perkembangannya, di Irian Barat yang sekarang dikenal dengan Papua dibentuk Kodam tersendiri, maka KDM-MIB diubah namanya menjadi Kodam XV/Pattimura.
Pemberian nama Pattimura dilatarbelakangi pada sejarah perjuangan Pahlawan Nasional Pattimura yang berjuang menentang Belanda pada 1817.
Pada 5 Agustus 1960, dalam upacara resmi Pataka Kodam XV/Pattimura diserahkan oleh MKN/KASAD Mayor Jenderal Abdul Haris Nasution kepada Panglima Kodam XV Pattimura yang waktu itu KDM-MIB.
