Sebagai pribadi mandiri, Lafran terbiasa mencari nafkah untuk menyambung hidup, baik dengan menjajakan karcis bioskop hingga menjual es lilin. Ia juga tercatat pernah bekerja di kantor Statistik Jakarta, menjadi pemimpin umum Apotek Bavosta. Karena kemahirannya berbahasa Jepang, Lafran pernah diminta bekerja di perusahaan semi-pemerintah.
Pengalaman hidup sejak kecil membuat Lafran tumbuh sebagai pribadi independen. Independensi Lafran tidak terletak pada netralitas keilmuannya, tidak pula pada pandangan keagamaannya, tetapi pada sikap kritis dan etisnya dalam memandang berbagai persoalan dengan tetap berupaya mencari kebenaran. Sebagai pencari sejati, independensi Lafran terasah, terbentuk, dan sekaligus teruji di lembaga-lembaga pendidikan yang tidak ia lalui dengan ‘normal’ dan ‘lurus’.
Setelah mengenyam pendidikan dasar dan menengah, pada 1947 Lafran melanjutkan studi ke Sekolah Tinggi Islam (STI) yang sejak 20 Mei 1948 berganti nama menjadi Universitas Islam Indonesia (UII). Di STI Lafran bersentuhan dengan ide-ide keislaman modern melalui dosen-dosennya seperti Prof. KH. Abdul Kahar Muzakar, Husein Yahya, Fathurrahman Kafrawi, Kasman Singodimedjo, Prawoto Mangkusasmito, dan H.M. Rasjidi. Pergumulan dengan ide-ide modernisme Islam berlanjut ketika Lafran berpindah ke Akademi Ilmu Politik (AIP) Yogyakarta yang pada 19 Desember 1949 terintegrasi ke dalam Universitas Gadjah Mada (UGM). Di UGM Lafran tercatat sebagai sarjana ilmu politik pertama yang lulus pada 26 Januari 1953. Meski mendalami ilmu politik, Lafran tetap bergumul dengan berbagai wacana keagamaan yang menjadikannya sebagai pribadi akademis penuh semangat dan idealisme.
