Pada bulan Juni 1949, menyusul disepakatinya Perjanjian Rum-Royen oleh kedua pihak yang bertikai, Sultan Hamengku Buwono IX, setelah berkonsultasi dengan Jendral Sudirman, menetapkan Yogya sebagai daerah dengan memerintahan semi militer. Eksekusi di lapangan dipercayakan kepada Letnan Kolonel Soeharto (‘Nijmeegsch dagblad’ [Nijmegen], Selasa, 21-06-1949; De Locomotief [Semarang], Rabu, 22-06-1949).
Perjanjian Rum-Royen mengharuskan Belanda mundur dari Keresidenan Yogyakarta. Penarikan pasukan Belanda berjalan lancar, demikian dilamporkan oleh harian ‘Maasbode’ (Rotterdam) edisi Sabtu 25 Juni 1949 di bawah judul: “Troepen trokken uit Wonosari. Nederlanders gedeprimeerd” (Pasukan mundur dari Wonosari. Belandan tertekan).
Pasukan gerilya Republik dengan tertib mengambil alih Wonosari di selatan Yogyakarta dari pasukan Belanda. Administrasi kota diambil alih di bawah pengawasan pengamat militer PBB. Pada pukul 10 waktu setempat garnisun Belanda, yang terdiri dari 150 orang, meninggalkan markasnya dan lima belas menit kemudian kota itu berada di tangan Republik. Evakuasi dipimpin oleh komandan Belanda, Kolonel Van Langen, yang mengatakan bahwa sejauh ini tidak ada insiden yang terjadi. Sultan Hamengku Buwono IX, Gubernur Militer Republik Yogyakarta, hadir pada saat keberangkatan pasukan Belanda itu.
