Setelah kemerdekaan, Om Sau pun turut memperjuangkan pembentukan Provinsi Maluku Utara pada 1957. Hingga ditahannya Om Sau dan beberapa aktivis pejuang provinsi di Penjara Nusakambangan. Turut ditahan bersama Om Sau adalah Munazer Azis, Abdul Hamid Hasan, Kasim Purbaya, Abdul Wahab Kasim, M. Mas’ud Dano Taisa, Umar Assagaf, Abdullah Sidik, M. Nur Adam, Thaha Simore, Usman Basyir, dll.
Sementara Johannes Tak, Wakil Ketua DPRD Peralihan Maluku Utara, yang memimpin sidang dan memutuskan Resolusi DPR Peralihan Maluku Utara 1957, atas terbentuknya Provinsi Maluku Utara, sebagai wilayah pendukung bagi perjuangan kembalinya Irian Barat ke pangkuan Ibu Pertiwi, di tahan di penjara militer Kota Ambon. Arifin Assagaf juga menjadi korban, karena tertembak di Tuwada, Jailolo.
Perisitiwa ini berlangsung karena bertepatan dengan pecahnya Pemberontakan PRRI/Permesta 1957-1958, menyebabkan gagasan pembentukan Provinsi Maluku Utara surut di tengah hiruk pikuk pemberontakan tersebut. K.H. Arifin Assagaf, kemudian berhijrah ke Manado dan sempat menjadi Ketua MUI Provinsi Sulawesi Utara.
Lebih tragis lagi, adalah kawan-kawan Om Sau dan Ismail Sangadji, sesama tahanan politik di
Bovel Digul, yang tidak sempat dibebaskan hingga pecahnya Perang Dunia II (1942-1945).
Pemerintah Kolonial Belanda mengangkut paksa mereka 524 Digulis ini ke Australia dengan status tawanan perang, bukan tawanan politik. Oleh Charles Olke van der Plas, Ketua Komisi Nederlandsch-Indisch, yang mengungsi ke Australia, mereka para tahanan Digul ini di fitnah dan dimanipulasi statusnya sebagai Tawanan Perang, dengan cap baru, yaitu ikut membantu Jepang. Namun mereka memberontak dan melanjutkan perjuangan kemerdekaan Indonesia di Australia.
