Lafran menjadi Ketua HMI pertama (Februari 1947) sebelum digantikan oleh M.S. Mintaredja (lahir 1921) pada 22 Agustus 1947 dengan wakil ketua Achmad Tirto Sudiro (lahir 1922), keduanya berasal dari UGM. Pergantian ini dimaksudkan agar HMI mampu menarik jumlah anggota yang lebih besar dari mahasiswa-mahasiswa non-STI.
Setelah berhasil memperkuat prinsip dasar organisasi HMI dan membuat organisasi ini semakin dikenal luas oleh publik, Lafran kembali ke dunia pendidikan. Ia menjadi pengajar yang bersahaja, tinggal di Jalan Sosrowijayan 80 Yogyakarta di sebuah rumah kecil nan asri dengan hiasan bunga, termasuk tetumbuhan kaktus, di halaman yang tertata rapi. Bentuk kebersahajaannya terjaga hingga ia berusia lanjut. Ia tidak pernah memiliki mobil pribadi, dan hanya menggunakan sepeda onthel untuknya pergi mengajar.
Ketimbang bergabung dalam gemerlap dunia politik, Lafran memilih untuk konsisten mengembangkan pendidikan bagi generasi muda berlandaskan pada semangat perjuangan nasional. Tentang hal ini ia menulis,
“Biarpun kita sudah merdeka, sudah mempunyai negara nasional, peninggalan akibat dari penindasan dan penjajahan Belanda itu tidaklah akan hilang lenyap begitu saja, terutama orang-orang yang melulu mengecap pelajaran dan pendidikan di sekolah Belanda. Dan itu mungkin baru hilang dengan pendidikan yang teratur dan keinsyafan, bahwa Belanda itu tidaklah lebih tinggi dari bangsa kita. Jadi tidaklah cukup dengan mulut saja, atau ditulis di atas kertas.” (Lafran Pane, 1949)
