Dua tahun memerintah, Mandar Syah tak juga mampu mengendalikan Ternate yang semakin diatur Belanda. Ketidakpuasan makin membesar saat Sultan melepas banyak wilayah kekuasaan Ternate di pulau Seram dan menyerahkannya ke Belanda. Keputusan ini ditentang keras oleh Kapita Lau Kaicil Saidi – saudara seibu Kalamata, para bangsawan dari klan Tomagola, Majira dan Kaicil Manila – adik lain Ibu dari Mandar Syah. Kudeta terjadi. Mandar Syah dipaksa turun tahta dan digantikan Kaicil Manila. Selama lima tahun, putera Sultan Mudaffar dari dari isteri ke-delapan, seorang perempuan dari Kulaba ini memerintah Ternate dari “kadato” Kasturian. Ia didukung penuh oleh para bangsawan dan mereka yang menentang Belanda. Namun Manila tak tercatat dalam silsilah Sultan yang memerintah Ternate. Mungkin karena Belanda mengabaikannya setelah Ia terbukti ikut menentang mereka. Manila wafat pada tahun 1655. Karena Mandar Syah masih hidup, Ia kemudian naik tahta kembali dan berkuasa hingga 1675.
Adnan Amal mencatat, pemerintahan Mandar Syah adalah awal kemerosotan dari kejayaan Ternate. Selain gagal mempertahankan Buton, Ia juga jadi Sultan yang merestui penebangan besar-besaran pohon cengkih mengikuti keinginan Belanda. Penjajah yang tamak itu berharap harga cengkih akan semakin mahal saat persediaannya terbatas sebagaimana hukum ekonomi. Di pulau Makian misalnya, rakyat ganti menanam kenari setelah pohon cengkih mereka habis diratakan dengan tanah. Skenario Belanda yang tertuang dalam perjanjian yang ditandatangi Mandar Syah sepulangnya dari Batavia ini nyatanya makin membuat rakyat sengsara. Kaicil Kalamata menolak traktat ini meski Ia diimingi Belanda dengan 500 ringgit setiap tahun sebagai ganti rugi. Akibat penolakannya, Kalamata yang baru dua bulan diangkat Mandar Syah sebagai Raja Jailolo dengan tujuan aneksasi akhirnya diberhentikan. Kalamata lalu menabuh genderang perang.
