Namun hubungan dengan Portugis kembali memburuk. Sultan yang merasa Portugis makin serakah dan bertindak sewenang-wenang, akhirnya mulai melawan. Entah sebuah kebetulan atau memang sudah direncanakan, dalam ketegangan hubungan bilateral itu, Gubernur Gonzalo Pereira yang baru bertugas di Ternate secara mengejutkan ditemukan tewas di kamarnya dalam benteng Gamlamo. Purbasyangka menyebar. Orang-orang Ternate dituduh sebagai pelaku pembunuhan dan Sultan Abu Hayat II dijadikan tersangka. Ia ditangkap dan di penjara. Penangkapan ini membuat hubungan Ternate dan Portugis berada di titik nadir. Rakyat marah dan mulai melawan.
Pengganti Pereira, Gubernur Vincente de Fonceca meredam perseteruan itu. Ia membebaskan Abu Hayat II dan menjadikannya kembali sebagai Sultan. Namun pemerintahan Abu Hayat II tak berjalan mulus. Rakyat makin marah karena Portugis terus mencampuri urusan Kesultanan dan “dibiarkan” oleh Sultan. Kemakmuran merosot tajam. Pemberontakan terjadi dimana-mana. Sultan tak peduli dan menggunakan tangan Portugis menangkap mereka yang membangkang perintahnya.
Di ujung kuasanya, rakyat menyerbu istana. Abu Hayat II dipaksa lengser. Kudeta ini dipimpin oleh saudara tiri Sultan yakni Tabariji. Abu Hayat II selanjutnya dibuang ke Malaka dan meninggal di sana. Tabariji dalam usia 15 tahun dinobatkan sebagai Sultan Ternate ke V disaksikan Gubernur de Fonceca. Keterlibatan Portugis yang makin intens kelak membuat jalan hidup Tabariji makin bergelimang dengan sengkarut dan tipu muslihat yang tak berujung. Sultan Ternate ini bersama Ibunya, Boki Nukila menemui akhir yang tragis.
